Za datę powstania Chojniczanki Chojnice uznaje się 1930 rok, ale początków klubu trzeba upatrywać trzy lata wcześniej. To właśnie wtedy powstała drużyna piłkarska o nazwie „Chojniczanka”, która nie miała jednak ani statutu, ani osobowości prawnej. Po czasie należało jednak wprowadzić pewne struktury organizacyjne, tym bardziej, że w 1929 roku do Chojniczanki zostali włączeni zawodnicy i działacze upadającego niemieckiego Towarzystwa Gimnastycznego „Gryf”. We wspomnianym 1930 roku połączono oba kluby i dokładnie 10 marca, w wyniku fuzji, powstała Chojniczanka 1930 Chojnice. Pełna historia klubu TUTAJ.

Największym sukcesem Chojniczanki Chojnice jest zajęcie 3. miejsca w rozgrywkach I ligi w sezonie 2017/2018. Drużynie z Chojnic zabrakło wówczas dwóch punktów do awansu do Ekstraklasy. Ogółem rzecz biorąc, Chojniczanka rywalizowała na zapleczu ekstraklasy przez siedem sezonów. Seria to została zakończona w poprzednim, kiedy to chojniczanie spadli do II ligi, zajmując przedostatnią pozycję w tabeli z 30. punktami na koncie.